染色体分析对图像的清晰度要求很高，清晰的染色体图像是染色体核型识别的先决条件。导致染色体图像不清晰的因素主要有以下几个：
染色体显带清晰与否受到实验试剂、实验条件、操作方法、人员经验等多方面因素的制约，是决定染色体图像质量最重要的环节。
显微镜的光学性能不同档次的显微镜对图像质量影响是显而易见的，其中物镜的性能很重要。显微数码相机的成像性能摄像机分模拟摄像机和数码摄像机两种，采用数码摄像机拍摄的图像质量会更高。
染色体图像分析软件一般还需要曲线调节、直方图调节、一键锐化等功能实现对染色体深浅带的对比度进行调节以实现最佳的带纹效果。显微镜、显微数码相机、染色体图像分析软件的不兼容会严重影响染色体图像的质量。 以下是用图谱光电的MTR3CCD拍摄的染色体图。所用的显微镜是Leica DM500+图谱光电的MTR3CCD01400KMB。
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